目的 观察并分析复方白头翁汤联合西药治疗溃疡性结肠炎（UC）合并的难治性阿米巴肠炎的临床疗效以及肠道微生态的变化，为UC合并的难治性阿米巴肠炎的临床治疗提供参考。方法 收集临床诊断的溃疡性结肠炎合并的难治性阿米巴肠炎患者12例，予复方白头翁汤联合西药治疗，分别于治疗前、治疗结束后行大便阿米巴检测、症状评分；并留取患者治疗前、治疗结束后4周、8周大便行高通量测序及代谢组学检测。结果 1.阿米巴滋养体及包囊清除情况：治疗结束后，12位入组的患者，11位患者大便常规未见阿米巴滋养体及包囊，总有效率为91.7%;1位患者大便常规镜检可见包囊，延长治疗10 d后，该患者大便常规未见阿米巴滋养体及包囊，此时总有效率为100%。2.中医证候积分变化：（1）总积分比较：治疗后患者积分较治疗前明显下降，差异有统计学意义（P(0.05）。（2）单项症状积分比较：主要症状及次要症状积分均较治疗前明显下降，差异有统计学意义（P(0.05）。3.治疗前后患者肠道菌群的变化及代谢组学分析：（1）治疗前及治疗结束后4周、8周患者肠道菌群的丰度及多样性均发生了变化，差异具有统计学意义（P(0.05）。（2）物种组成及差异性分析：(1)在门水平上，治疗前，患者的肠道菌群主要由厚壁菌门、放线菌门、变形菌门和拟杆菌门组成，治疗后，厚壁菌门、变形杆菌门和拟杆菌门占据了主导地位，放线菌门的比例有所下降。(2)在属水平上，与治疗前相比，患者大便的拟杆菌属（Bacteroides）、粪杆菌属（Faecalibacterium）、链球菌属（Streptococcus）等显著增高，而大肠埃希菌-志贺氏菌属（Escherichia-Shigella）、嗜血杆菌属（Haemophilus）、梭状芽孢菌属（Clostridioides）等显著降低。（3）代谢组学及差异性分析：治疗后患者肠道菌群在新陈代谢通路、甘油磷脂代谢通路、次生代谢产物的生物合成方面均具有明显差异。具有明显差异性的物质包括吲哚-3-乳酸、左旋肉碱、磷酸胆碱等，差异具有统计学意义（P(0.05）。结论 运用复方白头翁汤联合西药治疗UC合并的难治性阿米巴肠炎，能够有效杀灭阿米巴滋养体及包囊，可有效缓解患者的症状，提高临床疗效，改善患者中医证候评分，其机制可能与改善肠道菌群结构及其代谢通路从而起到辅助抗炎的作用有关，可为临床治疗UC合并的难治性阿米巴肠炎提供参考。