资源类型：
文章类型：
机构：
[1]昆明理工大学 医学院,昆明650504
[2]云南省第一人民医院,昆明理工大学附属医院,云南省消化内镜临床医学中心,云南省临床病毒学重点实验室,昆明市肿瘤分子与免疫防治重点实验室,昆明650032
内科片
消化内科
云南省第一人民医院
[3]中国科学院昆明动物研究所,昆明,650223
出处：
ISSN：
关键词：
ATAC-seq
RNA-seq
结直肠癌
靶基因
摘要：
结直肠癌(Colorectal cancer,CRC)是一种全球高发的恶性肿瘤,发病原因复杂且预后较差.近年来发现叉头框Q1(Forkhead box Q1,FOXQ1)基因作为一类核转录因子在结直肠癌中高表达,可控制下游基因转录活性.本实验拟探究CRC细胞中FOXQ1的转录调控功能并寻找其下游基因.方法:(1)构建低表达FOXQ1基因的稳定转染CRC细胞株;(2)应用RNA-seq检测FOXQ1敲低前后表达量显著差异的基因;(3)应用转座酶可接近性核染色质区域测序分析(Assay for Trans-posase-Accessible Chromatin using sequencing,ATAC-seq)检测FOXQ1敲低前后细胞染色质易接近性的变化;(4)进一步对FOXQ1敲低前后的RNA-seq和ATAC-seq数据进行一系列生物信息学分析,寻找CRC中FOXQ1转录调控的潜在下游基因.结果:应用RNA-seq筛选出了敲低FOXQ1后表达显著差异的基因EI24、TLR2、SMAD3,通过联合分析两细胞系的测序结果,发现FOXQ1基因敲低后,在DLD1和SW480两个细胞系中染色质易接近性均增强且表达量均上调的基因有61个,染色质易接近性均减弱且表达量均下调的基因有70个,且EI24、TLR2、SMAD3基因均位于重叠分析结果中,其中TLR2、SMAD3基因的染色质区域有明显变化,而EI24基因的染色质区域变化不明显.通过代谢通路分析找到了EI24、TLR2、SMAD3基因所富集的代谢通路.其中SMAD3、TLR2基因在炎症性肠病(Inflammatory bowel disease,IBD)通路中显著富集.EI24基因在p53信号通路(p53 signaling pathway)通路中显著富集.结论:基于染色质易接近性的变化和转录水平的研究发现:敲低FOXQ1基因对CRC细胞系中染色质的开放情况有较大的影响,且影响FOXQ1转录调控的下游基因的表达.找到了FOXQ1敲低后在SW480、DLD1中均发生变化的基因,为丰富FOXQ1转录因子的下游调控网络提供了研究基础.
基金：
国家自然科学基金项目(81502556,81860522)%云南省卫生和计划生育委员会医学学科带头人培养基金(D-201642)%云南省临床病毒学重点实验室基金(2018DG010)%昆明市肿瘤分子与免疫防治重点实验室基金(2018-1-A-17334)
第一作者：
第一作者机构：
[1]昆明理工大学 医学院,昆明650504
[2]云南省第一人民医院,昆明理工大学附属医院,云南省消化内镜临床医学中心,云南省临床病毒学重点实验室,昆明市肿瘤分子与免疫防治重点实验室,昆明650032
通讯作者：
推荐引用方式(GB/T 7714)：
伊梦杰,张锦锦,郭强,等.联合应用RNA-seq和ATAC-seq寻找FOXQ1 转录因子的下游靶基因[J].生物信息学.2019,17(4):227-236.
