目的:通过高通量测序分析肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A16型(CVA16)感染人呼吸道上皮细胞(16HBE)后差异表达的microRNA(miRNA)及其靶基因。方法:利用TargetScan和miRDB两个数据库对两种病毒感染后同时上调或下调的miRNA靶基因进行预测，剔除在上调和下调中均出现的靶基因。对上调和下调表达的靶基因进行GO和pathway分析，筛选与免疫应答相关的GO和pathway中所包含的靶基因及其对应的miRNA，并进一步筛选同时参与免疫相关GO和pathway的上调或下调的靶基因及其对应的miRNA。挑选部分miRNA和靶基因进行qRT-PCR验证。结果:筛选出上调miRNA对应的靶基因有598个，下调miRNA对应的靶基因有1 311个，剔除了同时上调或下调miRNA的靶基因62个。参与免疫应答相关GO及pathway的上调靶基因分别是17个和13个，对应的miRNA分别是15个和17个。参与免疫应答相关GO及pathway的下调靶基因分别是58个和47个，对应的miRNA分别是30个和42个。将参与免疫应答相关GO和pathway的上调靶基因取交集，得到的靶基因有3个，对应调控的miRNA有4个。另外，将参与免疫应答相关GO和pathway的下调靶基因取交集，得到的靶基因有9个，对应调控的miRNA有13个。结论:本研究有助于阐明EV71和CVA16感染后宿主——病原体的相互作用，并为手足口病的发病机制研究提供参考。