目的 分析宏基因组二代测序（mNGS）在非人类免疫缺陷病毒（HIV）感染型肺孢子菌肺炎（PJP）病原学诊断中的价值和特点。方法 选取2019年4月至2021年1月在该院收治的18例非HIV感染型PJP患者，收集mNGS结果及临床资料，采用SPSS25.0进行统计分析，两组间比较采用Mann-Whitney U检验，测序数据与部分临床指标进行Spearman相关分析。结果 18例PJP患者送检16例支气管肺泡灌洗液（BALF）和2例血标本mNGS中均检出Pj序列，17例标本Pj序列相对丰度在85%以上，Pj序列数在所有微生物种间排名1～14;未发现Pj序列数与发病时间、氧合指数、CD4+T淋巴细胞计数相关（rs=-0.131,-0.129,-0.040,P＞0.05）,与是否经验性抗Pj治疗（P=0.158）及是否发生院内死亡（P=0.426）不相关。所有BALF中均检出细菌序列并报告了可疑致病菌，血标本中未检出细菌序列；14例检出病毒序列，最常见为人类β疱疹病毒5型（9例）。所用患者接受磺胺甲噁唑/甲氧苄啶或联用棘白菌素类药物抗Pj治疗，治疗后影像学改善明显，3例发生院内死亡。结论 在非HIV感染型PJP病例中mNGS有良好的检测能力，条件允许时尽量选择下呼吸道标本送检以获得更全面的病原学信息。