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基于生物信息学探索骨关节炎自噬特征基因及关联中药预测

Prediction of Autophagy-Related Signature Genes and Associated Traditional Chinese Medicines in Osteoarthritis Based on Bioinformatics

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资源类型:
机构: [1]云南中医药大学第一临床医学院 [2]云南省第一人民医院骨科 [3]昆明理工大学医学院
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关键词: 骨关节炎 生物信息学 自噬 中药预测

摘要:
目的:探索骨关节炎(osteoarthritis, OA)自噬特征基因及关联中药预测,为OA自噬机制及临床诊疗提供更多参考。方法:将GEO数据库获取OA相关差异表达基因与自噬基因库HADb获取的基因进行交集,获得OA的自噬基因。GO和KEGG分析生物学功能和通路,并筛选OA自噬核心基因,在验证集中评估诊断效能,最终进行中药预测。结结果果:GO和KEGG分析发现OA的自噬基因涉及泛素蛋白连接酶结合、泛素样蛋白连接酶结合等多生物学功能和细胞凋亡、FoxO信号通路等多通路,筛选并验证了HSP90AB1、BCL2L1、HSPA5、EGFR和MAP1LC3B共5个基因是OA自噬相关的核心基因(P(0.001),综合诊断分析得到AUC值为0.900,且预测得到121味中药,其中清热解毒药、活血祛瘀药类中药占比最大。结论:HSP90AB1、BCL2L1、HSPA5、EGFR和MAP1LC3B可能是OA的自噬诊断基因,预测中药也与临床用药有一致性,表明诊断标志物可靠,为OA的精准医疗提供新的策略和方向。

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第一作者机构: [1]云南中医药大学第一临床医学院
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