目的：分析和鉴定甲状腺乳头状癌（papillary thyroid carcinoma，PTC）与交界性病变的差异表达蛋白，筛选新的蛋白标志物。方法：收集2013年4月至2015年2月云南省第一人民医院手术切除的甲状腺标本118例。实验组分别为PTC 43例（含经典型40例、滤泡亚型3例）、交界性病变33例（具有PTC样细胞核及乳头状结构，而缺乏包膜、血管侵犯，未发生转移的病例。其中8例合并非典型腺瘤），对照组为癌旁正常甲状腺组织42例。每组用10例冰冻样本提取总蛋白进行双向凝胶电泳（two-dimensional electrophoresis，2-DE），经PDQUEST 7.3图像分析软件检测3组的表达差异点，利用基质辅助激光解吸电离串联飞行时间质谱（MALDI-TOF/TOF-MS）和Swiss-Prot数据库对差异蛋白进行鉴定，选择其中6种差异表达蛋白用118例样本通过免疫组织化学（immunohistochemistry， IHC）染色进行验证。结果：3组样本两两比较共发现24个蛋白差异点，通过质谱分析鉴定出18种差异表达蛋白。IHC染色显示6种蛋白keratin，typeⅡcytoskeletal 8（CK8）、keratin，typeⅠcytoskeletal 18（CK18）、60 kDa heat shock protein（HSP60）、actin，cytoplasmic 2（γ-Actin）、14-3-3 protein beta/alpha（14-3-3β/α）和14-3-3 protein epsilon（14-3-3ε）定位于细胞浆；在PTC中6种蛋白的表达均高于正常甲状腺组织（P<0.001），同时CK8、CK18、HSP60和γ-actin的表达高于交界性病变组（P<0.01）；在交界性病变中，除CK8无明显变化外，其它5种蛋白的表达均高于正常对照组（P<0.001）。结论：蛋白质组学分析有助于发现新的PTC和交界性病变的蛋白标志物，IHC染色进一步确认这些蛋白在组织细胞中的表达模式，更有利于PTC的早期病理诊断。