探讨2018-2019年云南省15 702例手足口病（Hand,foot and mouth disease,HFMD）病原学和流行病学分布特征，为手足口病防控工作提供依据。应用实时荧光定量PCR方法检测手足口病临床诊断病例标本中的EV-A71（Enterovirus 71,EV-A71）、CVA16（Coxsackievirus A16,CVA16）和其他肠道病毒。15 702份标本的病原检出率为75.78%（11 899/15 702），以其他肠道病毒为主，占阳性标本的48.85%（5 813/11 899）；其次为CVA16，占阳性标本的40.98%（4 876/11 899）;EV-A71感染较少。手足口病病例每月均有报告，高峰出现在4-7月。男性多于女性，性别比约为1.44:1。病例主要集中在1岁组和2岁组，分别占30.72%（4 824/15 702）和23.66%（3 715/15 702）。不同标本类型的阳性检出率存在统计学差异（χ2=128.857,P＜0.001），粪便＞咽拭子、肛拭子。不同病例类型的标本阳性检出率不同，重症病例明显高于轻症病例，有统计学意义。共分离毒株403株，其中CVA16 152株、EV-A71 58株、CVA6 112株、CVA10 53株，其他28株。CVA16毒株的VP1基因核苷酸与氨基酸序列同源性分别为85.8%～100%和98.6%～100%,EV-A71毒株的VP1基因核苷酸与氨基酸序列同源性分别为95.1%～100%和98.7%～100%。2018-2019年云南省15 702例手足口病病原主要由CVA16和其他肠道病毒感染引起，应加强手足口病病原体的监测和分型鉴定，为进一步制订手足口病防控措施提供依据。