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产前诊断中采用拷贝数变异测序技术检测胎儿DMD基因缺失或重复的效能

Efficiency of CNV-seq in detecting fetal DMD gene deletion or duplication in prenatal diagnosis

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资源类型:

收录情况: ◇ 统计源期刊 ◇ 北大核心 ◇ CSCD-C ◇ 中华系列

机构: [1]昆明理工大学附属医院 云南省第一人民医院医学遗传科 国家卫生健康委西部优生与出生缺陷防控重点实验室 云南省出生缺陷与遗传病研究重点实验室,昆明 650032
出处:
ISSN:

关键词: 肌营养不良 杜氏 基因缺失 基因复制 DNA拷贝数变异 多重聚合酶链式反应 产前诊断

摘要:
目的:评估产前诊断中采用低深度高通量全基因组拷贝数变异测序(CNV-seq)技术对胎儿DMD基因缺失或重复的诊断效能。方法:对2018年1月至2023年7月于云南省第一人民医院行产前诊断的34 544例胎儿的CNV-seq检测结果进行回顾性分析,共纳入156例胎儿,包括:有假性肥大型进行性肌营养不良[DMD;包括表型较轻的贝氏肌营养不良(BMD)]生育史或家族史的胎儿125例;无DMD/BMD生育史或家族史但因其他指征行产前诊断检出DMD基因缺失或重复的胎儿31例。采用多重连接依赖性探针扩增(MLPA)技术对胎儿样本进行检测验证,对CNV-seq和MLPA结果进行一致性检验,获得CNV-seq对胎儿DMD基因缺失或重复的检测效能。结果:与MLPA相比,CNV-seq对胎儿DMD基因缺失或重复的检出总符合率为92.3%(144/156),敏感度和阳性预测值均为88.2%,特异度和阴性预测值均为94.3%,漏检率为3.8%,Kappa系数为0.839。有DMD/BMD生育史或家族史的胎儿中,MLPA共检出20例缺失和6例重复,其中4例缺失和2例重复因变异片段<100 Kb被CNV-seq漏检。无DMD/BMD生育史或家族史的胎儿中,CNV-seq检出缺失占42%(13/31),重复占58%(18/31),重复占比高于有DMD/BMD生育史或家族史的胎儿,其中3例位于第42~67号外显子(可能致病),9例覆盖DMD基因5’或3’末端,均包含第1或第79号外显子(临床意义未明),其余6例CNV-seq检出重复片段位于chrX:32650635_32910000(临床意义未明),但MLPA检测结果均为阴性。结论:CNV-seq可有效检出胎儿DMD基因缺失或重复,但存在少量漏检风险,结果需MLPA验证。CNV-seq检测到chrX:32650635_32910000区域重复及检出覆盖DMD基因5′端或3′端重复的变异可能并不致病。

基金:

基金编号: 2014NS281 YNWR‑YLXZ‑2019‑005 2022LCZXKF‑SZ02

语种:
第一作者:
第一作者机构: [1]昆明理工大学附属医院 云南省第一人民医院医学遗传科 国家卫生健康委西部优生与出生缺陷防控重点实验室 云南省出生缺陷与遗传病研究重点实验室,昆明 650032
通讯作者:
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